A história do Agrupamento Vertical de S. João da Pesqueira remonta ao ano de 1973 quando, através da Portaria nº 644/73, começou a funcionar, nas actuais instalações da Câmara Municipal, o ensino dos actuais 5º e 6º anos na então designada Escola Preparatória Comendador Luís Rebelo de Miranda.

Já depois da "revolução dos cravos", as instalações da escola passaram para uns blocos pré-fabricados perto do Tribunal da Comarca de S. João da Pesqueira (Casa do Cabo). Foi neste espaço físico que alargou a oferta formativa até ao 9º ano de escolaridade e alterou a sua denominação para Escola C+S de S. João da Pesqueira.

Em 21 de Novembro de 1992 foi inaugurado o actual edifício da Escola Básica dos segundo e terceiro ciclos com Ensino Secundário, pelo Primeiro-Ministro Professor Doutor Cavaco Silva.

Por Despacho da Direcção Regional da Educação do Norte, de 24/07/2003, foi constituído o Agrupamento Vertical de S. João da Pesqueira.